یکی از اصلی‌ترین اهداف دبیرستان علوم و معارف اسلامی شهید مطهری (ره)، پیگیری و اجرای اهداف و منویات مقام معظم رهبری (مد ظله العالی) به عنوان نایب امام زمان (عج) است.
حضرت آیه الله خامنه‌ای (مد ظله العالی) می‌فرمایند: پیوند اولیاء و مربیان می‌تواند خانه و مدرسه را به مرکز تعلیم و تزکیه تبدیل نماید... اگر ما خانه و مدرسه را از نظر تعلیم و تربیت به یکدیگر متصل کنیم، پیوندی مبارک انجام داده‌ایم... .
بر این اساس، واحد آموزش خانواده دبیرستان شهید مطهری (ره) اهداف زیر را پیگیری می‌نماید:
ـ تحکیم و تقویت روابط میان اولیاء و مربیان
ـ ارتقاء سطح دانش اولیاء در حوزه‌های مختلفی مانند معارف اسلامی، علوم تربیتی و روانشناسی، علوم اجتماعی، مسائل بهداشتی و ...
ـ جذب امکانات و نیروهای مردمی به منظور مشارکت همه‌جانبه آنان در پیشبرد اهداف آموزشی و پرورشی