مجموعه آموزشی تربیتی شهید مطهری (ره) رسالت اصلی خویش را تربیت افراد اسلام‌شناس و آگاه به مسائل و مقتضیات زمان می‌داند.
در راستای انجام این رسالت خطیر، اهداف زیر دنبال می‌شوند:
1- شناخت و پرورش و هدایت استعدادهای دانش‌آموزان در جهت اعتلای علوم و معارف اسلامی براساس تعالیم اسلامی
2- تقویت روحیه تعلیم و تعلم مستمر در علوم و معارف اسلامی
3- پرورش روحیه پژوهش، تفکر، نقد و ابتکار
4- پرورش روحیه مشارکت علمی، مباحثه و بهره‌گیری از مهارتهای نوین آموزشی